In un prezioso resoconto sulla vita dell’Istituto fatto subito dopo la Seconda Guerra Mondiale (StEtrXVIII, 1944), Antonio Minto, Presidente fondatore, ne sottolineava i profondi legami con la Deputazione Archeologica preposta ai Musei e alle antichità etrusche, istituita con R.D. del 13 marzo 1871. Questa Deputazione, che si muoveva sulla scia delle altre Deputazioni regionali, aveva come compito la vigilanza sui monumenti, gli scavi e le collezioni del territorio dell’Etruria centrale e più precisamente le province di Firenze, Pisa, Arezzo, Lucca, Livorno, Siena, Grosseto e la parte a destra del Tevere delle province dell’Umbria e di Roma (art. 4). Sede della Deputazione era il Museo Etrusco di Firenze (art. 9), istituito l’anno precedente con R.D. del 17 marzo 1870. Ulteriore compito della Deputazione era la pubblicazione di una Relazione annua in cui rendere “conto dei suoi lavori e del progresso dell’Archeologia Etrusca” (art. 8). La Deputazione era costituita da “uomini chiari nelle discipline archeologiche”: come Aurelio Gotti, Gian Francesco Gamurrini, Pietro Rosa, Achille Gennarelli, Ariodante Fabretti, Giancarlo Conestabile, Carlo Strozzi. Alla base di questa istituzione come anche del Museo Etrusco, vi fu la volontà del ministro della Pubblica Istruzione Cesare Correnti, politico di spirito laico e risorgimentale, che vedeva nelle testimonianze della civiltà etrusca la più antica identità della cultura italiana.
La fondazione e la costituzione dell’Istituto si ispiravano quindi alla più antica Deputazione preposta alle antichità dell’Etruria, creata dal Correnti in seno all’Unità d’Italia e all’epoca di Firenze capitale del Regno in un’ottica pienamente risorgimentale.